中国农业科学院棉花研究所作为唯一的国家级棉花专业科研机构和全国棉花科研中心,组织和主持全国性的重大科研项目,开展国际科技合作与交流。 建设有棉花生物育种与综合利用全国重点实验室、棉花生物育种及产业技术国家工程研究中心等14个国家级平台。 与郑州大学联合共建有郑州大学农学院。 建所至今,共获得省部级以上成果奖励72项,其中国家奖23项,国家一等奖4项。