香港科技大学深圳研究院是深圳市政府批准成立的事业单位，是首批加入深圳虚拟大学园的院校之一。 深圳研究院承担科大本部在深圳的联络工作。 研究院的主要工作包括：协助大学在内地招生工作，为大学在深圳的企业及实验室提供联络、项目管理等服务，为大学和深圳的相关企事业单位、政府部门提供沟通协调的桥梁等。