伊宁县人民医院是国家“二级甲等医院”、国家级“爱婴”医院、国家孕产妇质量监测医院、自治区包虫病手术治疗定点医院,是江苏省南通市卫健系统对口援疆单位,与中日友好医院、新疆医科大学第一附属医院、自治区人民医院、自治区肿瘤医院、伊犁州友谊医院等国家、自治区、州级医疗机构建立了7个医联体、12个专科联盟、1个名医工作室。