福建医科大学药学院为集教学、科研、开发与社会服务于一体的高等药学教育机构。 设有药理学系、药物化学系、天然药物学系、药剂学系、药物分析学系、临床药学系、生物工程与生物制药学系、基础化学系等8个学系和实验教学中心、药学科技管理与服务中心等下属机构。