航空工程学院成立于2015年7月，为学校5个航空系院之一。 学院现面向无人驾驶航空器、航空宇航科学与技术、电子信息等领域开展人才培养、专业建设、学科建设和科学研究。 设有无人驾驶航空器系统工程、飞行器动力工程、电子信息工程(航空电子方向、智能电子方向、无人机方向)、光电信息科学与工程4个本科专业和无人机应用技术、应用电子技术(无人机控制方向)2个专科专业,招收交通运输(航空无人系统工程方向)硕士研究生，全日制在校生2300余人。 学院建有山东省航空材料与器件工程技术研究中心；无人驾驶航空器测控系统滨州市技术创新中心、滨州市航空光电材料与器件重点实验室、航空光电信息处理与控制滨州市工程研究中心；滨州学院无人机技术研究所、航空发动机研究所等科研创新平台。