温州医科大学基础医学院源自1958年学校建立后的基础医学教研室，经过多轮院系机构设置改革，2005年9月正式成立基础医学院。 现设病原生物学与免疫学系、生理学与病理生理学系、形态学系、生物科学系、法医学系5个系，下设10个教研室，并有2个实验教学中心和人体科学馆，其中基础医学实验教学中心为国家级实验教学示范中心，机能实验教学中心为省级重点实验教学示范中心，人体科学馆为省科普教育基地。 学院拥有浙江省肿瘤相关病原与宿主互作研究国际科技合作基地。 在上世纪80年代学院就开始招收硕士研究生，2011年获批基础医学硕士学位授权一级学科，2018年获批基础医学本科专业和博士学位授权一级学科，形成本硕博相衔接的人才培养体系。 基础医学学科是浙江省一流学科(B类)，入围2021年和2022年软科中国最好学科排名前30%，入围2022年和2023年软科世界一流学科，世界排名位列第401-500区间，免疫学和微生物学进入ESI全球排名前1%.